原文:直系同源基因(orthologous gene)和旁系同源基因(paralogous gene)

在进化过程中,新基因通常来自事先存在的基因,新基因的功能从先前基因的功能进化而来。新基因的原材料 来自基因组区域的重复,这种重复可包括一个或多个基因。 作为物种形成的伴随事件而被重复,并继续保持相同功能的基因,称为直系同源基因 orthologous gene 。 新的基因功能可由在单个物种的基因组中发生的重复引起的。在一个基因组内部的重复导致旁系同源基因 paralogous gene 。 旁 ...

2019-07-04 15:36 0 5268 推荐指数:

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几种同源关系:直系同源旁系同源和异同源

搞生物信息的必须搞清楚这几种同源关系! 参考:直系同源旁系同源 直系同源(orthologous) 指的是不同物种之间的同源性,例如蛋白质的同源性,DNA序列的同源性。Orthologs是指来自于不同物种的由垂直家系(物种形成)进化而来的蛋白,并且典型的保留与原始 ...

Mon Jan 09 05:07:00 CST 2017 0 1637
基因的结构 gene structure

很多网站对基因结构的描述不清晰或不准确,此处给出较为权威的基因结构: ...

Tue Feb 25 18:37:00 CST 2020 0 1304
gene Ontology (基因本体论)

gene ontology为了查找某个研究领域的相关信息,生物学家往往要花费大量的时间,更糟糕的是,不同的生物学数据库可能会使用不同的术语,好比是一些方言一样,这让信息查找更加麻烦,尤其是使得机器查找无章可循。Gene Ontology就是为了解决这种问题而发起的一个项目。 Gene ...

Wed Dec 12 21:59:00 CST 2018 0 646
基因家族分析之同源基因的寻找

Blast进行同源基因的寻找 参考博客: http://boyun.sh.cn/bio/?p=1849 https://www.bioinfo-scrounger.com/archives/673/ 基于蛋白的比对结果,寻找某一个蛋白家族的同源基因,使用如下的参数 ...

Fri Mar 06 18:00:00 CST 2020 0 1423
批量注释基因基因座上(map gene to locus)

GWAS研究中经常涉及到基因座(locus)的概念,下面简要介绍一下批量注释基因基因座的方法。 1、单个基因注释到基因座 对于单个基因基因座注释,比较简单,常用的工具有:UCSC Genome Browser、NCBI。 比如UCSC Genome Browser: 还有NCBI ...

Tue Sep 07 04:54:00 CST 2021 0 111
基因调控网络 (Gene Regulatory Network) 01

本文为入门级的基因调控网络文章,主要介绍一些基本概念及常见的GRN模型。 概念:基因调控网络 (Gene Regulatory Network, GRN),简称调控网络,指细胞内或一个基因组内基因基因之间的相互作用关系形成的网络,特指基因调控 (gene regulation) 导致基因 ...

Sun Feb 16 05:46:00 CST 2020 0 5387
物种树(Species Tree)和基因树(Gene Tree)

         认为来自不同物种的一组基因的进化关系(基因树,gene tree)与这些物种本身的进化关系(物种树,species tree) 一定相同,似乎是合理的,因为这些基因存在于这些物种的基因组中。但情况并非如此。基因树不一定与物种树相同。   基因树可以和物种 ...

Mon Jul 01 17:42:00 CST 2019 0 1688
DEPICT实现基因优化(gene prioritization)、gene set富集分析(geneset enrichment)、组织富集分析(tissue enrichment)

基因组关联分析除了找到显著的关联位点,我们还可以做基因优化、geneset富集分析、组织富集分析,下面具体讲一讲怎么利用GWAS的summary数据做这个分析。 summary数据就是关联分析的结果文件 1 软件安装前请确保需要满足的系统环境 1.1 支持Mac OS X ...

Thu Sep 19 19:23:00 CST 2019 0 393
 
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