转录因子motif是一些很短的模序（~10bp），在大基因组里很容易出现随机比对，而且是以position weight matrix (PWM)格式来呈现，说明它的可变性，因此研究motif ...

本文的分析套路剑指10-20分的journal，全是干货。 发现一个不错的专题，讲得很详细。 ATAC-seq/ChIP-seq分析方法 其中一个细节IDR，讲得很通俗。 第6 ...

前言 做RNA-seq基因表达数据分析挖掘，我们感兴趣的其实是“基因互作”，哪些基因影响了我们这个基因G，我们的基因G又会去影响哪些基因，从而得到基因调控的机制。 直觉确实是很明确的，但是细节处却 ...

补充RNA-seq流程 以前都是自己搭RNA-seq流程，虽然可以完成任务，但是数据量一多，批次多起来，就非常难管理。 既然别人提供了这么好的流程，那就要用起来，管理起来不是一般的轻松。 ENC ...

RNA-seq这个工具该什么时候用？ATAC-seq该什么时候用？有相当一部分项目设计不行，导致花大钱测了一些没有意义的数据。 还是在中心法则这个框架下来解释，这是生物信息的核心。打开华大科技服务官 ...

参考：生信技能树 ChIP-Seq综述 一些简单的copy，纯属个人笔记。 ChIP-seq的原理 用于在全基因组范围中研究DNA结合蛋白（相互反应）、组蛋白修饰（表观遗传标记）和核小 ...

要做就做深做精！ Everything needs good justification. The interpretation should be biologically and statist ...

scRNA-seq做完该做的QC、normalization、imputation、clustering、trajectory和integration，就会开始做转录调控的分析了。 核心就是围绕着T ...

做生物的想发文章怎么办？转录调控来解析（huyou）！ 最简单的情形： 1. 我在研究一个非常重要的基因A，功能已经做得差不多了，现在想深挖，第一步就是想知道哪个转录因子调控这个基因A； 2. ...

主流的motif数据库 JASPAR dbcorrdb - SCENIC使用的 TRANSFAC® 7.0 Public 2005 and TRANSCompel 7.0 Public 2005 ...