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序列相似性比较与同源性分析

首先应该注意区分序列相似性与序列同源性的关系,序列相似不一定同源,但是判定同源性关系的时候有些算法(Maximum likelihood除外)要考虑到序列相似性。序列相似性是将待研究序列与DNA或蛋白 ...

Sat Jul 13 06:18:00 CST 2019 0 7042
生物数据库介绍——NCBI

NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国家生物技术信息中心)除了维护GenBank核酸序列数据库外,还提供数据分析和检索资源。 ...

Fri Aug 31 04:31:00 CST 2018 0 10407
GEO(Gene Expression Omnibus):高通量基因表达数据库

  Gene Expression Omnibus(GEO)是一个公共存储库,可以存档和自由分发由科学界提交的全套微阵列,新一代测序和其他形式的高通量功能基因组数据。 除数据存储外,还提供一系列基于W ...

Sat Sep 22 06:02:00 CST 2018 0 7419
BCR-ABL融合基因及检测

费城染色体 费城染色体(Philadelphia chromosome, Ph (or Ph') chromosome),或称费城染色体易位(Philadelphia translocation), ...

Wed Aug 21 03:44:00 CST 2019 0 3461
Biopython常用功能模块

Biopython项目是旨在减少计算生物学中代码重复的开源项目之一,由国际开发人员协会创建。 它包含表示生物序列和序列注释的类,并且能够读取和写入各种文件格式(FASTA,FASTQ,GenBank和 ...

Thu May 10 06:22:00 CST 2018 0 6005
基因的可变剪切

什么是基因的可变剪切? 有些基因的前体mRNA(pre-mRNA)通过不同的剪接方式(选择不同的剪接位点)产生不同的mRNA剪接异构体,这一过程称为可变剪接(或者选择性剪切)(Altern ...

Sun Dec 27 19:04:00 CST 2015 0 12226
eQTL

首先QTL是数量性状位点,比如身高是一个数量性状,其对应的控制基因的位点就是一个数量性状位点,而eQTL就是控制数量性状表达位点,即能控制数量性状基因(如身高基因)表达水平高低的那些基因的位点。 ...

Mon Aug 11 18:12:00 CST 2014 0 13375
BLAST在Windows系统中本地化

简介 NCBI除了提供在线的Web BLAST序列比对服务外,还提供FTP方式下载序列比对工具。这允许在本地平台上针对从NCBI下载或本地创建的数据库执行BLAST搜索。这些实用程序 ...

Mon Aug 06 04:57:00 CST 2018 0 4302
使用Aspera (ascp 命令)从NCBI高速下载数据

1. 简介 生物信息研究人员往往需要从NCBI/sra 或者EBI/ENA下载高通量的测序数据。而通过NCBI申请获得的数据往往需要通过Aspeara进行下载。 2. Aspeara 安装 ...

Fri Jul 24 01:40:00 CST 2020 0 2770

 
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