VCFtools用来处理VCF文档。 筛选特定突变 比较文件 总结突变 转化文件格式 验证并合并文件 取突变交集和差集 Get basic file stati ...

速来围观！——三种NCBI常见数据库 在微生物测序分析中，常常需要对未知的核酸或蛋白序列进行物种,功能或类别注释。注释方法种类较多，其中最常用的是与一些标准数据库进行相似性搜索，也就是序 ...

1、下载、安装 phylip软件 官网： http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html 安装成 ...

隐含马尔可夫模型（Hidden Markov Model，HMM）最初是在20世纪60年代后半期，由Leonard E. Baum和其他一些作者在一系列统计学论文中描述的。其最初应用于语音识别领域。 ...

DiffBind是基于peak的差异分析包，peaks由其他peak caller软件生成，如MACS2、HOMER.一个peak可能表示一个染色质开放区域、蛋白质结合位点等。call出来的peak是 ...

NCBI的gene id, ENTREZID 与Ensembl Gene ID 互相转换网站：https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php ...

ORF是什么？ 开放阅读框（英语：Open reading frame；缩写：ORF；其他译名：开放阅读框架、开放式阅读框架，开放读架等）是生物个体的基因组中，可能是蛋白质编码序列的部分。基因中的O ...

最近有需求，对WGS测序获得SNP信息进行筛减，可问题是测序个体少，call rate，maf，hwe，等条件过滤后，snp数量还是千万级别，所以后面利用plink工具根据LD信息来滤除大量SNP标记 ...

通常我们用的都是通过blast比对来确定我们需要的家族成员，首先是比对序列，再次是需要目标物种的蛋白序列，来进行比对，通常比对的时候我们都需要设定e-value值。今天我们来学习一下利用HMMER来鉴 ...

1、准备测试数据10个样本，10个位点 2、提取特定位点 [root@linuxprobe test]# ls test.map test.ped testsit ...