利用plink软件基于LD信息过滤SNP
最近有需求，对WGS测序获得SNP信息进行筛减，可问题是测序个体少，call rate，maf，hwe，等条件过滤后，snp数量还是千万级别，所以后面利用plink工具根据LD信息来滤除大量SNP标记。 工具版本：PLINK v1.90b4.6 64-bit (15 Aug 2017) 一、格式 ...
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plink: 计算多个SNP集的连锁不平衡（ld）
plink --bfile file --extract all.snp --r2 --ld-window-kb 1000 --ld-window-r2 0.8 --ld-snp-list all.snp --out all.snp.08.inter all.snp文件如下所示： ...
SNP x SNP 上位效应（epistasis）分析
传统的全基因组关联分析（GWAS）计算的是单个SNP与表型的相关性，除此之外，我们还可以进行SNP之间的互作效应与表型的相关性分析。 本推文主要介绍的是SNP间的上位效应与表型的相关性分析。 上位 ...
文件权限问题导致plink报错 Failed to open 21JAN.log. Try changing the --out parameter.
晚上兴起，想起一直以来没有解决的问题，于是复制一个目录，开始跑数据，但是跑到第一步就采坑 plink --chr-set 95 --file merge --mind 0.1 --geno 0.1 --maf 0.05 --chr 1-18 --recode --out 21JAN 报错 ...
plink:将bed文件转化为ped,map文件
用--recode命令，--out表示转化的文件的名字，本例已经命名为“filter” ...