数据预处理（DNA genotyping、Quality control、Imputation） QC的工作可以做PLINK上完成Imputation的 ...

流行病学研究常见的分析就是相关性分析了。 相关性分析某种程度上可以为我们提供一些研究思路，比如缺乏元素A与某种癌症相关，那么我们可以通过补充元素A来减少患癌率。这个结论的大前提是缺乏元素A会导致这种 ...

全基因组关联分析流程： 一、准备plink文件 1、准备PED文件 PED文件至少有六列，内容如下： Family ID Individual ID Pater ...

一、什么是多基因风险评分 传统的GWAS研究只计算单个SNP位点与表型之间的关联性，再用Bonferroni校正，通过给定的阈值，筛选出显著的SNP位点。 这样会存在两个问题，第 ...

前言 很多人问我有没有关于全基因组关联分析（GWAS）原理的书籍或者文章推荐。 其实我个人觉得，做这个分析，先从跑流程开始，再去看原理。 为什么这么说呢，因为对于初学者来说，跑流程就像一个大黑洞 ...

画曼哈顿图和QQ plot 首推R包“qqman”，简约方便。下面具体介绍以下。 一、画曼哈顿图 install.packages("qqman") library(qqman) ...

如文章“Genome-wide Complex Trait Analysis(GCTA)-全基因组复杂性状分析”中介绍的GCTA，是一款基于全基因组关联分析发展的分析工具，除了计算不同性状/表型间（t ...

最近需要画LD block,之前一直用haploview软件画，haploview软件毛病比较多，比如不能有多态位点，输入的变异位点不能太多等。动不动就报错。 最近试了一下另外一个画LD block ...

该选择多少个主成分 群体结构（population structure），或者说群体分层（population stratification），是由于个体之间非随机交配而导致的群体中亚群之间等位基因 ...

孟德尔随机化(Mendelian Randomization) 统计功效（power）和样本量计算 1 统计功效（power）概念 统计功效（power）指的是在原假设为假的情况下，接受备择假设的 ...