数据预处理（DNA genotyping、Quality control、Imputation） QC的工作可以做PLINK上完成Imputation的 ...

1、列表包括数据库名称、表型、是否能下载到基因型（genotype）、是否能下载到GWAS结果文件（P值、效应值、SNP位点）。目前收集到的有如下： 参考到这些数据库的文献：Genome-wid ...

今天要讲的一篇是发表于 Hum Genet 的 "Shared genetic architecture between metabolic traits and Alzheimer's diseas ...

GWAS研究中，表型分两种。第一种是线性的表型，如果身高、体重、智力等；第二种是二元的表型，比如患病和未患病，即通常所说的case和control。对于表型是线性的样本来说，是不存在case和cont ...

摘要：如果不设置任何过滤标准的话，SOAPsnp会call出更多的SNVs；AtlasSNP2算法比较严格，因此call出来的SNVs数量是最少的，GATK 和 SAMtools call出来的数量位 ...

前言 关于选用多少个PCA做群体分层校正，各大期刊并没有一个统一的说法。 故做了如下综述。 1 随心所欲型，想选多少就选多少 PCA想选多少就选多少，这个真的不是开玩笑。有文献出处有真相！ 比 ...

假如你的GWAS结果出现如下图的时候，怎么办呢？GWAS没有如预期般的扫出完美的显著信号，也就没法继续发挥后续研究的套路了。 最近，nature发表了一篇文献“Common genetic va ...