一行命令批量修改染色体和位置为RS号
鉴于太多人问我怎么批量根据chr:pos查找RS号,在这里出一个教程。 注意以下教程展示的是修改hg19基因组版本的RS号,如果你的数据是其他版本的,请修改为对应版本的数据。 假定数据是 ...
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共定位分析是一种用贝叶斯检验来分析两种可能相关的表型是否在给定区域内共享共同的遗传因果变异的方法,本文中,我们使用 coloc 包来进行共定位分析。 数据的准备 MAF的计算 我们的共定位的目的 ...
基因型过滤标准:保留双等位基因(biallelic sites)以及次等位基因频率大于0.05的位点: bcftools view --types snps -m 2 -M 2 -q 0.05:mi ...