该选择多少个主成分 群体结构（population structure），或者说群体分层（population stratification），是由于个体之间非随机交配而导致的群体中亚群之间等位基因 ...

最近处理数据时，经常用到Z-score处理方法，所以把自己了解到的知识汇集在此，对自己也是个提升，希望对别人也有所帮助。 （1）Z-score定义 由于Z-score的数据分布满足“正态 ...

检测基因组选择信号的方法有很多种，其中 XP-CLR 方法是常用的一种。XP-CLR 是陈华老师、Nick Patterson 和 David Reich 在 2010 年发表的方法，全称叫 the ...

转载于：http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=460481&do=blog&id=1191502 絮语： ...

EHH（Extended Haplotype Homozygosity）、iHS（Integrated Haplotype Score） 和 XP-EHH（Cross Population Exten ...

ADMIXTURE 是常用的群体遗传学分析工具，可以估计个体的祖先成分。与 STRUCTURE 相比，它的速度更快。 下面介绍一下它的使用。STRUCTURE 可以输入 Plink 或者 EIGEN ...

链接：https://www.jianshu.com/p/c489da8e75ff 群体遗传学介绍 传统群体遗传学是基于观察到的等位基因频率与预期频率的分析。例如，在Wri ...

有个好的PPT链接：https://max.book118.com/html/2017/0319/96003245.shtm 做近交系数的代码： plink --file test --h ...

相关系数度量指的是两个不同事件彼此之间的相互影响程度；而自相关系数度量的是同一事件在两个不同时期之间的相关程度，形象的讲就是度量自己过去的行为对自己现在的影响。 自相关，也称 序列相关。是一个信号于 ...

上一篇文章 《使用XP-CLR检测基因组中的选择信号》 介绍了 XP-CLR。XP-CLR 是一种是基于选择扫荡（selective sweeep）的似然方法。选择扫荡可以增加群体之间的遗传分化，导致 ...