使用XP-CLR检测基因组中的选择信号
检测基因组选择信号的方法有很多种，其中 XP-CLR 方法是常用的一种。XP-CLR 是陈华老师、Nick Patterson 和 David Reich 在 2010 年发表的方法，全称叫 the ...
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使用Hapbin基于EHH、iHS、XP-EHH方法检测基因组中的选择信号
EHH（Extended Haplotype Homozygosity）、iHS（Integrated Haplotype Score） 和 XP-EHH（Cross Population Exten ...
使用ADMIXTURE估计个体的祖先成分
ADMIXTURE 是常用的群体遗传学分析工具，可以估计个体的祖先成分。与 STRUCTURE 相比，它的速度更快。 下面介绍一下它的使用。STRUCTURE 可以输入 Plink 或者 EIGEN ...
使用Python版XP-CLR检测基因组中的选择信号
上一篇文章 《使用XP-CLR检测基因组中的选择信号》 介绍了 XP-CLR。XP-CLR 是一种是基于选择扫荡（selective sweeep）的似然方法。选择扫荡可以增加群体之间的遗传分化，导致 ...