画曼哈顿图和QQ plot 首推R包“qqman”，简约方便。下面具体介绍以下。 一、画曼哈顿图 install.packages("qqman") library(qqman) ...

正向选择：某一位点逐渐积累，成优势的位点，具体表现为：随着时间延长，该位点的突变allele频率越来越高，远远超过野生型allele； 中性选择：随着时间的延长，总体频率没有改变太多； 平衡选择： ...

欢迎来到"bio生物信息"的世界 今天给大家带来“批量计算kaks值”的技能。 关于kaks的背景知识我就不介绍了，感兴趣的自行搜索，这里直接开始讲怎么批量计算kaks值。 1 文件准备 首先 ...

下列所用到的数据均为千人基因组数据库 1、通过vcftools计算FST 命令行如下： 其中，input_data.vcf就是输入的vcf格式 population_1.txt的 ...

一、为什么要做祖先成分的PCA? GWAS研究时经常碰到群体分层的现象，即该群体的祖先来源多样性，我们知道的，不同群体SNP频率不一样，导致后面做关联分析的时候可能出现假阳性位点（不一定是显著信号位 ...

PLINK提供了“--ld”的参数计算两个SNP位点的连锁不平衡值。 命令如下： plink --file file --ld rs123 rs134 --out rs123_rs134 ...

欢迎来到"bio生物信息"的世界 今天，为大家带来一个在线网站datamonkey，可以同时检测支系、基因、位点的选择压力。 datamonkey网址：http://www.datamonkey. ...

1）将vcf转化为plink格式，假定输入的vcf文件名为：17893893-17898893.vcf,也可以参考链接：将vcf文件转化为plink格式并且保持phasing状态 /vcfto ...

检测基因组选择信号的方法有很多种，其中 XP-CLR 方法是常用的一种。XP-CLR 是陈华老师、Nick Patterson 和 David Reich 在 2010 年发表的方法，全称叫 the ...

欢迎来到"bio生物信息"的世界 下面是一篇文献介绍。 关于人类基因组正向选择信号的检测分析。 1.正向选择的概念 正向选择：某一突变位点逐渐积累，成为优势的位点。 具体表现为：随着时间延长 ...