bcftools 提取vcf(snp/indel)文件子集
做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎。这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools-1.5 一、根据个体提取子集 根据样品名提取vcf文件,准备要保留的个体名文件 ...
做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎。这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools-1.5 一、根据个体提取子集 根据样品名提取vcf文件,准备要保留的个体名文件 ...
在对vcf的操作有这样三个软件: 利用Bcftools按样本拆分文件主要利用了“--view”这个软件包,主要代码如下: 这里面三个参数: 就可以完成了。 ...