基因组组装算法
目前，构建Graph的主流方法有3种，Overlap-Layout-Consensus（Celera Assembler、PBcR），de Bruijn Graph（SOAPdenovo ） 和 St ...
花费 22 ms
基因组组装流程
1. 前期准备 背景信息： GC含量 和 GC分布 基因组重复程度 基因组大小估计 杂合情况 最好的情况是对方能提供已经发表的近源物种。根据近源物种分析以上信息，尤其是GC ...
测序深度和覆盖度（Sequencing depth and coverage）
总是跑数据，却对数据一无所知，这说不过去吧。 看几篇文章吧 Sequencing depth and coverage: key considerations in genomic anal ...
基因组组装工具之 SOAPdenovo 使用方法
SOAPdenovo是一个新颖的适用于组装短reads的方法，能组装出类似人类基因组大小的de novo草图。 该软件特地设计用来组装Illumina GA short reads，新的版本减少了在 ...
De novo 测序基础知识
名词解释 De novo：拉丁文，从头开始的意思，de nove测序则是指在不需要任何参考序列的情况下对某一物种进行基因组测序，然后将测得的序列进行拼接、组装，从而绘制该物种的全基因组序列图谱。 ...
基因组组装结果质量评估
参考：【干货】基因组组装你了解多少？ -- 诺禾致源 动植物基因组de novo工作，其组装指标的好坏直接影响着整个基因组的质量。而评估基因组组装结果，contigN50和scaffoldN5 ...
Falcon：三代reads比对组装工具箱
主页：github: PacificBiosciences/FALCON 简介 Falcon是一组通过快速比对长reads，从而来consensus和组装的工具。 Falcon工具包是一 ...
PacBio长reads的大基因组组装
原文链接：Large Genome Assembly with PacBio Long Reads 可以以多种方式利用PacBio长reads来生成和改进大型基因组的de novo组装。 你可以 ...
Canu Quick Start（快速使用Canu）
Canu Quick Start Canu Quick Start PBcR (老版的canu) CA Canu specializes in（专门从事） assembling ...
染色体共线性可视化
摘要 基因组组装质量的评估手段之一就是用现有的参考基因组和组装的基因组进行共线性分析，级别有全基因组的共线性分析和染色体级别的共线性分析，全基因组级别的共线性可以用circlize进行可视化，现在进 ...