使用PAML进行分歧时间计算 PAML软件中的mcmctree命令可以使用Bayesian方法估算物种分歧时间。 对程序输入带有校准点信息的有根树、多序列比对结果，即可得到进化树各内部节点 ...

StringTie 参考链接：https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual#input 参数简介 StringTie的基 ...

在测序一个新物种时，首先需要对该物种的基因组结构有所了解，包括以下几个内容： 基因组大小 重复片段大小 杂合度大小 基因组越大，杂合度也大，重复 ...

基因组组装完后需要对基因组序列进行注释。注释前首先得构建基因模型，有三种策略： 同源预测(homology-based prediction)：有一些基因蛋白在相近物种间的保守型高，所以 ...

自然选择是五种遗传力（突变、重组、选择、基因流、漂变）之一，选择压力分析更是进化分析中不可或缺的一项重要内容。 自然选择的检测 非同义替代与同义替换的比值，即：ω 值，也就是通常所说 ...

这些三代全长转录组测序的相关问题，可以帮到爱学习的我哦 1.什么是三代全长转录组测序 三代全长转录组测序，即利用PacBio三代测序平台对某一物种的mRNA进行测序研究。它以平均超 ...

Blat ​ Blat，全称 The BLAST-Like Alignment Tool，可以称为"类BLAST 比对工具"，对于DNA序列，BLAT是用来设计寻找95%及以上相似至少40个碱基的序 ...

C含量分布图 Per sequence GC content 这个图理论上应该符合正态分布（也就是钟形曲线），除非有过表达的序列( over-represented sequ ...

相较于其他三代四代数据组装软件（Canu（也可用于纠错），smartdenovo，miniasm，Flye，TULIP，FALCON，FALCON-unzip等） wtdbg有如下优点： 安 ...

用Li Heng开发的Minimap+miniasm进行组装，然后用racon+pilon进行纠错。 三代测序拼装软件，三代测序平台 Nanopore / Pacbio 产生的数据的一个共同点就是， ...