搞生物信息的必須搞清楚這幾種同源關系! 參考:直系同源和旁系同源 直系同源(orthologous) 指的是不同物種之間的同源性,例如蛋白質的同源性,DNA序列的同源性。Orthologs是指來自於不同物種的由垂直家系(物種形成)進化而來的蛋白,並且典型的保留與原始 ...
在進化過程中,新基因通常來自事先存在的基因,新基因的功能從先前基因的功能進化而來。新基因的原材料 來自基因組區域的重復,這種重復可包括一個或多個基因。 作為物種形成的伴隨事件而被重復,並繼續保持相同功能的基因,稱為直系同源基因 orthologous gene 。 新的基因功能可由在單個物種的基因組中發生的重復引起的。在一個基因組內部的重復導致旁系同源基因 paralogous gene 。 旁 ...
2019-07-04 15:36 0 5268 推薦指數:
搞生物信息的必須搞清楚這幾種同源關系! 參考:直系同源和旁系同源 直系同源(orthologous) 指的是不同物種之間的同源性,例如蛋白質的同源性,DNA序列的同源性。Orthologs是指來自於不同物種的由垂直家系(物種形成)進化而來的蛋白,並且典型的保留與原始 ...
很多網站對基因結構的描述不清晰或不准確,此處給出較為權威的基因結構: ...
gene ontology為了查找某個研究領域的相關信息,生物學家往往要花費大量的時間,更糟糕的是,不同的生物學數據庫可能會使用不同的術語,好比是一些方言一樣,這讓信息查找更加麻煩,尤其是使得機器查找無章可循。Gene Ontology就是為了解決這種問題而發起的一個項目。 Gene ...
Blast進行同源基因的尋找 參考博客: http://boyun.sh.cn/bio/?p=1849 https://www.bioinfo-scrounger.com/archives/673/ 基於蛋白的比對結果,尋找某一個蛋白家族的同源基因,使用如下的參數 ...
GWAS研究中經常涉及到基因座(locus)的概念,下面簡要介紹一下批量注釋基因到基因座的方法。 1、單個基因注釋到基因座 對於單個基因的基因座注釋,比較簡單,常用的工具有:UCSC Genome Browser、NCBI。 比如UCSC Genome Browser: 還有NCBI ...
本文為入門級的基因調控網絡文章,主要介紹一些基本概念及常見的GRN模型。 概念:基因調控網絡 (Gene Regulatory Network, GRN),簡稱調控網絡,指細胞內或一個基因組內基因和基因之間的相互作用關系形成的網絡,特指基因調控 (gene regulation) 導致基因 ...
認為來自不同物種的一組基因的進化關系(基因樹,gene tree)與這些物種本身的進化關系(物種樹,species tree) 一定相同,似乎是合理的,因為這些基因存在於這些物種的基因組中。但情況並非如此。基因樹不一定與物種樹相同。 基因樹可以和物種 ...
全基因組關聯分析除了找到顯著的關聯位點,我們還可以做基因優化、geneset富集分析、組織富集分析,下面具體講一講怎么利用GWAS的summary數據做這個分析。 summary數據就是關聯分析的結果文件 1 軟件安裝前請確保需要滿足的系統環境 1.1 支持Mac OS X ...