GWAS研究中經常涉及到基因座(locus)的概念,下面簡要介紹一下批量注釋基因到基因座的方法。
1、單個基因注釋到基因座
對於單個基因的基因座注釋,比較簡單,常用的工具有:UCSC Genome Browser、NCBI。
比如UCSC Genome Browser:
還有NCBI:
2、批量注釋多個基因到基因座
下面介紹一個網頁版的批量注釋基因到基因座的工具:BioMart
進入網址:http://www.ensembl.org/biomart/martview
如下所示:
以人類為例,進入網站后,在CHOOSE DATABASE
中依次選擇Ensembl Genes 104
、Human genes (GRCh38.p13)
:
依次點擊Filters
、GENE
,在GENE
欄中選擇基因格式,這里以HGNC symbol(s)
為例,選擇完畢后,在輸入框中把基因名黏貼進去:
隨后依次點擊Attributes
和GENE
,在GENE
欄中勾選Chromosome/scaffold name
、Gene start (bp)
、Gene end (bp)
、Karyotype band
、Gene name
:
最后,點擊左上角的Results
,結果如下所示:
可以看到,Karyotype band
這一列就是我們要的基因座信息,最后點擊Go
就可以把結果下載下來啦。
致謝橙子牛奶糖(陳文燕),請用參考模版:We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX
感謝小可愛們多年來的陪伴, 我與你們一起成長~