批量注釋基因到基因座上(map gene to locus)


GWAS研究中經常涉及到基因座(locus)的概念,下面簡要介紹一下批量注釋基因到基因座的方法。

1、單個基因注釋到基因座

對於單個基因的基因座注釋,比較簡單,常用的工具有:UCSC Genome BrowserNCBI

比如UCSC Genome Browser

還有NCBI

2、批量注釋多個基因到基因座

下面介紹一個網頁版的批量注釋基因到基因座的工具:BioMart

進入網址:http://www.ensembl.org/biomart/martview

如下所示:

以人類為例,進入網站后,在CHOOSE DATABASE中依次選擇Ensembl Genes 104Human genes (GRCh38.p13)

依次點擊FiltersGENE,在GENE欄中選擇基因格式,這里以HGNC symbol(s)為例,選擇完畢后,在輸入框中把基因名黏貼進去:

隨后依次點擊AttributesGENE,在GENE欄中勾選Chromosome/scaffold nameGene start (bp)Gene end (bp)Karyotype bandGene name:

最后,點擊左上角的Results,結果如下所示:

可以看到,Karyotype band這一列就是我們要的基因座信息,最后點擊Go就可以把結果下載下來啦。


致謝橙子牛奶糖(陳文燕),請用參考模版:We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX

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