首先,進入NCBI的主頁網站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/view/ 進入后,在下圖紅色框框位置輸入目的SNP,比如rs608139 輸完后,出現如下結果,箭頭指向的是該SNP當前所在基因座的位置,即p21,由於該SNP在2號染色體 ...
GWAS研究中經常涉及到基因座 locus 的概念,下面簡要介紹一下批量注釋基因到基因座的方法。 單個基因注釋到基因座 對於單個基因的基因座注釋,比較簡單,常用的工具有:UCSC Genome Browser NCBI。 比如UCSC Genome Browser: 還有NCBI: 批量注釋多個基因到基因座 下面介紹一個網頁版的批量注釋基因到基因座的工具:BioMart 進入網址:http: ww ...
2021-09-06 20:54 0 111 推薦指數:
首先,進入NCBI的主頁網站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/view/ 進入后,在下圖紅色框框位置輸入目的SNP,比如rs608139 輸完后,出現如下結果,箭頭指向的是該SNP當前所在基因座的位置,即p21,由於該SNP在2號染色體 ...
到底什么是eQTL? eQTL和QTL之間有什么聯系?為什么說QTL比eQTL難很多? QTL和GWAS有什么關系? GTEx數據庫里的eQTL數據如何利用? 說eQTL之前必須先解釋QTL,QTL,一說到中文名就清楚了,數量性狀位點,就是一個性狀,比如身高,會由成百上千個基因來決定 ...
很多網站對基因結構的描述不清晰或不准確,此處給出較為權威的基因結構: ...
在進化過程中,新基因通常來自事先存在的基因,新基因的功能從先前基因的功能進化而來。新基因的原材料 來自基因組區域的重復,這種重復可包括一個或多個基因。 作為物種形成的伴隨事件而被重復,並繼續保持相同功能的基因,稱為直系同源基因(orthologous gene)。 新的基因功能可由 ...
注釋過程:這一步一般都需要手動去鑒定和校正,當然也可以利用一些軟件來校正,運用這類過程的 軟件 JIGSAW、 EVidenceModeler (EVM)和 GLEAN (以及后續軟件 Evigan) 。 通過估計每一個來源的基因證據誤差的類型和頻率, 進而選擇誤差最小 ...
gene ontology為了查找某個研究領域的相關信息,生物學家往往要花費大量的時間,更糟糕的是,不同的生物學數據庫可能會使用不同的術語,好比是一些方言一樣,這讓信息查找更加麻煩,尤其是使得機器查找無章可循。Gene Ontology就是為了解決這種問題而發起的一個項目。 Gene ...
目前的從頭預測軟件大多是基於HMM(隱馬爾科夫鏈)和貝葉斯理論,通過已有物種的注釋信息對軟件進行訓練,從訓練結果中去推斷一段基因序列中可能的結構,在這方面做的最好的工具是 AUGUSTUS它可以僅使用序列信息進行預測,也可以整合EST, cDNA, RNA-seq ...
基因組注釋主要包括四個研究方向:重復序列的識別;非編碼RNA的預測;基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義:重復序列可分為串聯重復序列(Tendam repeat)和散在重復序列 ...