數據預處理（DNA genotyping、Quality control、Imputation） QC的工作可以做PLINK上完成Imputation的 ...

流行病學研究常見的分析就是相關性分析了。 相關性分析某種程度上可以為我們提供一些研究思路，比如缺乏元素A與某種癌症相關，那么我們可以通過補充元素A來減少患癌率。這個結論的大前提是缺乏元素A會導致這種 ...

全基因組關聯分析流程： 一、准備plink文件 1、准備PED文件 PED文件至少有六列，內容如下： Family ID Individual ID Pater ...

一、什么是多基因風險評分 傳統的GWAS研究只計算單個SNP位點與表型之間的關聯性，再用Bonferroni校正，通過給定的閾值，篩選出顯著的SNP位點。 這樣會存在兩個問題，第 ...

前言 很多人問我有沒有關於全基因組關聯分析（GWAS）原理的書籍或者文章推薦。 其實我個人覺得，做這個分析，先從跑流程開始，再去看原理。 為什么這么說呢，因為對於初學者來說，跑流程就像一個大黑洞 ...

畫曼哈頓圖和QQ plot 首推R包“qqman”，簡約方便。下面具體介紹以下。 一、畫曼哈頓圖 install.packages("qqman") library(qqman) ...

如文章“Genome-wide Complex Trait Analysis(GCTA)-全基因組復雜性狀分析”中介紹的GCTA，是一款基於全基因組關聯分析發展的分析工具，除了計算不同性狀/表型間（t ...

最近需要畫LD block,之前一直用haploview軟件畫，haploview軟件毛病比較多，比如不能有多態位點，輸入的變異位點不能太多等。動不動就報錯。 最近試了一下另外一個畫LD block ...

該選擇多少個主成分 群體結構（population structure），或者說群體分層（population stratification），是由於個體之間非隨機交配而導致的群體中亞群之間等位基因 ...

孟德爾隨機化(Mendelian Randomization) 統計功效（power）和樣本量計算 1 統計功效（power）概念 統計功效（power）指的是在原假設為假的情況下，接受備擇假設的 ...