前面已經講解了： 單細胞分析實錄(1): 認識Cell Hashing 單細胞分析實錄(2): 使用Cell Ranger得到表達矩陣 單細胞分析實錄(3): Cell Hashing數據拆分 ...

參考資料： 1.醫學分子生物學 第六章 第一節 表觀遺傳學-甲基化 2.醫學分子生物學 第六章 第二節 表觀遺傳學-組蛋白修飾 3.組蛋白修飾是個啥 1.什么是表觀遺傳學？ 舉個例子：同卵雙生的雙 ...

前面我們已經學習了單細胞轉錄組分析的：使用Cell Ranger得到表達矩陣和doublet檢測，今天我們開始Seurat標准流程的學習。這一部分的內容，網上有很多帖子，基本上都是把Seurat官網P ...

本文為入門級的基因調控網絡文章，主要介紹一些基本概念及常見的GRN模型。 概念：基因調控網絡 (Gene Regulatory Network, GRN)，簡稱調控網絡，指細胞內或一個基因組內基因和 ...

今天的內容講講單細胞文章中經常出現的展示細胞marker的圖：tsne/umap圖、熱圖、堆疊小提琴圖、氣泡圖，每個圖我都會用兩種方法繪制。 使用的數據來自文獻：Single-cell tra ...

細胞通訊分析可以給我們一些細胞類群之間相互調控/交流的信息，這種細胞之間的調控主要是通過受配體結合，傳遞信號來實現的。不同的分化、疾病過程，可能存在特異的細胞通訊關系，因此闡明這些通訊關系至關重要。 ...

一、測序原理 先介紹 Nanopore 測序中的幾位主角： Reader ：在自然界中，有一種可以嵌入到細胞膜中作為離子或分子通道的跨膜蛋白，具有天然的蛋白納米孔。經過人為基因工程修飾后，得到的就 ...

上一篇已經講解了Seurat標准流程，推文的最后，注意到了不同樣本之間的表達數據是存在批次效應的，就像下圖這樣，有些是可以聚到一起的亞群，卻出現了不同樣本分開/偏移的情況，比如第3群，這種就是批次效應 ...

該選擇多少個主成分 群體結構（population structure），或者說群體分層（population stratification），是由於個體之間非隨機交配而導致的群體中亞群之間等位基因 ...

資料來源： 細胞、染色體、DNA和基因的關系 細胞核中包含染色體，人體共有23對染色體（22+XY/XX），染色體由DNA組成，DNA是由互補鹼基對組成的雙螺旋結構，DNA鏈中只有一部分信息可以編碼 ...