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利用plink軟件基於LD信息過濾SNP

最近有需求,對WGS測序獲得SNP信息進行篩減,可問題是測序個體少,call rate,maf,hwe,等條件過濾后,snp數量還是千萬級別,所以后面利用plink工具根據LD信息來濾除大量SNP標記。 工具版本:PLINK v1.90b4.6 64-bit (15 Aug 2017) 一、格式 ...

Thu Dec 12 05:21:00 CST 2019 0 1172
SNP x SNP 上位效應(epistasis)分析

傳統的全基因組關聯分析(GWAS)計算的是單個SNP與表型的相關性,除此之外,我們還可以進行SNP之間的互作效應與表型的相關性分析。 本推文主要介紹的是SNP間的上位效應與表型的相關性分析。 上位 ...

Wed Oct 14 19:45:00 CST 2020 0 740

 
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