利用plink軟件基於LD信息過濾SNP
最近有需求,對WGS測序獲得SNP信息進行篩減,可問題是測序個體少,call rate,maf,hwe,等條件過濾后,snp數量還是千萬級別,所以后面利用plink工具根據LD信息來濾除大量SNP標記。 工具版本:PLINK v1.90b4.6 64-bit (15 Aug 2017) 一、格式 ...
最近有需求,對WGS測序獲得SNP信息進行篩減,可問題是測序個體少,call rate,maf,hwe,等條件過濾后,snp數量還是千萬級別,所以后面利用plink工具根據LD信息來濾除大量SNP標記。 工具版本:PLINK v1.90b4.6 64-bit (15 Aug 2017) 一、格式 ...
plink --bfile file --extract all.snp --r2 --ld-window-kb 1000 --ld-window-r2 0.8 --ld-snp-list all.snp --out all.snp.08.inter all.snp文件如下所示: ...
傳統的全基因組關聯分析(GWAS)計算的是單個SNP與表型的相關性,除此之外,我們還可以進行SNP之間的互作效應與表型的相關性分析。 本推文主要介紹的是SNP間的上位效應與表型的相關性分析。 上位 ...
晚上興起,想起一直以來沒有解決的問題,於是復制一個目錄,開始跑數據,但是跑到第一步就采坑 plink --chr-set 95 --file merge --mind 0.1 --geno 0.1 --maf 0.05 --chr 1-18 --recode --out 21JAN 報錯 ...
用--recode命令,--out表示轉化的文件的名字,本例已經命名為“filter” ...