最近有需求，對WGS測序獲得SNP信息進行篩減，可問題是測序個體少，call rate，maf，hwe，等條件過濾后，snp數量還是千萬級別，所以后面利用plink工具根據LD信息來濾除大量SNP標記。 工具版本：PLINK v1.90b4.6 64-bit (15 Aug 2017) 一、格式 ...

plink --bfile file --extract all.snp --r2 --ld-window-kb 1000 --ld-window-r2 0.8 --ld-snp-list all.snp --out all.snp.08.inter all.snp文件如下所示： ...

傳統的全基因組關聯分析（GWAS）計算的是單個SNP與表型的相關性，除此之外，我們還可以進行SNP之間的互作效應與表型的相關性分析。 本推文主要介紹的是SNP間的上位效應與表型的相關性分析。 上位 ...

晚上興起，想起一直以來沒有解決的問題，於是復制一個目錄，開始跑數據，但是跑到第一步就采坑 plink --chr-set 95 --file merge --mind 0.1 --geno 0.1 --maf 0.05 --chr 1-18 --recode --out 21JAN 報錯 ...

用--recode命令，--out表示轉化的文件的名字，本例已經命名為“filter” ...