傳統的全基因組關聯分析（GWAS）計算的是單個SNP與表型的相關性，除此之外，我們還可以進行SNP之間的互作效應與表型的相關性分析。
本推文主要介紹的是SNP間的上位效應與表型的相關性分析。
上位效應的公式為：Y ~ b0 + b1.A + b2.B + b3.AB + e
Y為表型，A和B分別為兩個變異位點，在GWAS中通常指SNP，如果b3為顯著，則說明存在上位效應。
1、准備基因型文件
基因型文件：文件格式可以是ped/map或者bed/bim/fam，本教程的格式為ped/map
具體格式准備可參考教程：全基因組關聯分析（Genome-Wide Association Study，GWAS）流程（網址 https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/6095531.html）
基因型文件test.ped
基因型文件test.map
2、准備表型文件
表型分為二分類和非二分類表型（多分類或者連續型表型）。
二分類表型文件phenocc.txt： 第一列為FID（可以是群體等）,第二列為IID（個體唯一ID），第三列為表型（1是control，2是case）
多分類或者連續型表型文件phenoq.txt： 第一列為FID（可以是群體等）,第二列為IID（個體唯一ID），第三列為表型
3、全基因組所有SNP的上位效應分析
二分類表型的命令如下：
/plink-1.07-x86_64/plink --file test --pheno phenocc.txt --epistasis --epi1 1 --noweb --out test
--epi1參數表示設定輸出的P的閾值，這里設定為1，指的是輸出所有值，PLINK默認輸出的P閾值為1e-4。當SNP數量比較多時，建議用PLINK的默認參數或者適當提高閾值，比如1e-5，以此減少輸出文件大小。
生成test.epi.cc和test.epi.cc.summary兩個文件。
test.epi.cc文件如下所示：
不同列所代表的意思：
CHR1 Chromosome of first SNP SNP1 Identifier for first SNP CHR2 Chromosome of second SNP SNP2 Identifier for second SNP OR_INT Odds ratio for interaction STAT Chi-square statistic, 1df P Asymptotic p-value
test.epi.cc.summary文件如下所示：
不同列所代表的意思：
CHR Chromosome SNP SNP identifier N_SIG # significant epistatic tests (p <= "--epi2" threshold) N_TOT # of valid tests (i.e. non-zero allele counts, etc) PROP Proportion significant of valid tests BEST_CHISQ Highest statistic for this SNP BEST_CHR Chromosome of best SNP BEST_SNP SNP identifier of best SNP
多分類或連續型表型的命令如下：
/plink-1.07-x86_64/plink --file test --pheno phenoq.txt --epistasis --epi1 1 --noweb --out test
生成test.epi.qt和test.epi.qt.summary兩個文件
test.epi.qt文件如下所示：
test.epi.qt.summary文件如下所示：
每列所代表的意思同二分類表型結果文件。
4、指定SNP之間的上位效應分析
指定三個SNP之間的上位效應分析，假定三個SNP的文件為epi.set1，內容如下：
指定的三個SNP放中間，以START和END作為開頭和結尾。
命令如下：
/plink-1.07-x86_64/plink --file test --pheno phenoq.txt --epistasis --set-test --set epi.set1 --epi1 1 --epi2 0.3 --noweb --out testset1set1
--epi2指的是對顯著的test進行計數，閾值可以是0.05，0.01等，這里設定為0.3，該值針對N_SIG一列設定的。
示例代碼是PLINK的1.07版本，如果是1.9版本，則將--set-test改為set-by-set
生成的結果如下所示：
5、指定SNP與其他SNP的上位效應分析
指定rs11260575、rs4018608、rs3737723與rs56673092、rs6689813的上位效應分析，需要文件epi.set2，格式如下：
上位效應分析：
/plink-1.07-x86_64/plink --file test --pheno phenoq.txt --epistasis --set-test --set epi.set2 --epi1 1 --epi2 0.3 --noweb --out testset1set2
結果如下所示：
6、指定SNP與全基因組的上位效應分析
指定SNP與全基因組上位效應分析命令：
/plink-1.07-x86_64/plink --file test --pheno phenoq.txt --epistasis --set-test --set epi.set1 --set-by-all --epi1 1 --epi2 1 --noweb --out testset1
結果如下：
需要用到這批測試數據的公眾號“bio生物信息”后台回復“epis”。
