Heterozygosis SNP 和 Homology SNP, SNP的二態性
純合SNP和雜合SNP是SNP calling軟件如GATK或者SAMtools根據測序深度、鹼基質量值、比對質量值和基因型質量值等綜合判斷出來的純合和雜合， 簡單來說，純合SNP可以認為該位點測到的所有reads只是一種鹼基類型，雜合SNP為二種或二種以上的鹼基類型，不排除特殊位置 ...
原文：SNP x SNP 上位效應（epistasis）分析
傳統的全基因組關聯分析 GWAS 計算的是單個SNP與表型的相關性，除此之外，我們還可以進行SNP之間的互作效應與表型的相關性分析。 本推文主要介紹的是SNP間的上位效應與表型的相關性分析。 上位效應的公式為：Y b b .A b .B b .AB e Y為表型，A和B分別為兩個變異位點，在GWAS中通常指SNP，如果b 為顯著，則說明存在上位效應。 准備基因型文件 基因型文件：文件格式可以是pe ...
2020-10-14 11:45 0 740 推薦指數：
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