SNP/單核苷酸多態性分析

SNP/單核苷酸多態性分析

SNP(Single Nucleotide Polymorphism)，即單核苷酸多態性，是由於單個核苷酸改變而導致的核酸序列多態。一般來說，一個SNP位點只有兩種等位基因，因此又叫雙等位基因。SNP在人類基因組中的發生頻率比較高，大約平均每1000個鹼基中就有一個多態位點。有些SNP位點還會影響基因的功能，導致生物性狀改變甚至致病。單核苷酸多態性是研究人類家族和動植物品系遺傳變異的重要依據，因此被廣泛用於群體遺傳學研究(如生物的起源、進化及遷移等方面)和疾病相關基因的研究，在葯物基因組學、診斷學和生物醫學研究中起重要作用。

 

服務項目

 

 

 

1.TaqMan探針法
針對染色體上的不同SNP位點分別設計PCR引物和TaqMan探針，進行實時熒光PCR擴增。探針的5’-端和3’-端分別標記一個報告熒光基團和一個淬滅熒光基團。當溶液中存在PCR產物時，該探針與模板退火，即產生了適合於核酸外切酶活性的底物，從而將探針5’-端連接的熒光分子從探針上切割下來，破壞兩熒光分子間的PRET，發出熒光。通常用於少量SNP位點分析（見圖1）。

 

 

圖1 某SNP位點分析結果  A.純合(G/G)  B.雜合(G/T)

 

2.SNaPshot法

該技術由美國應用生物公司（ABI）開發，是基於熒光標記單鹼基延伸原理的分型技術，也稱小測序，主要針對中等通量的SNP分型項目。在一個含有測序酶、四種熒光標記ddNTP、緊臨多態位點5’-端的不同長度延伸引物和PCR產物模板的反應體系中，引物延伸一個鹼基即終止，經ABI測序儀檢測后，根據峰的移動位置確定該延伸產物對應的SNP位點，根據峰的顏色可得知摻入的鹼基種類，從而確定該樣本的基因型。對於PCR產物模板可通過多重PCR反應體系來獲得。通常用於10-30個SNP位點分析（見圖2）。

 

圖2 基因編碼區9 個SNP 位點的SNaPshot 實驗結果圖譜

 

3.HRM法
高分辨率熔解曲線分析（HRM）是近幾年興起的SNP研究工具，它通過實時監測升溫過程中雙鏈DNA熒光染料與PCR擴增產物的結合情況，來判斷是否存在SNP，而且不同SNP位點、是否是雜合子等都會影響熔解曲線的峰形，因此HRM分析能夠有效區分不同SNP位點與不同基因型。這種檢測方法不受突變鹼基位點與類型的局限，無需序列特異性探針，在PCR結束后直接運行高分辨率熔解，即可完成對樣品基因型的分析。該方法無需設計探針，操作簡便、快速，成本低，結果准確，並且實現了真正的閉管操作（圖3）。

圖3 某基因的SNP（G>A）進行HRM分析的結果。A圖為熔解曲線，B圖為差異圖

4.Mass Array法
MassARRAY分子量陣列技術是Sequenom公司推出的世界上領先的基因分析工具，通過引物延伸或切割反應與靈敏、可靠的MALDI-TOF-MS技術相結合，實現基因分型檢測。基於MassARRAY平台的iPLEX GOLD技術可以設計最高達40重的PCR反應和基因型檢測，實驗設計靈活，分型結果准確性高。根據應用需要，對數十到數百個SNP位點進行數百至數千份樣本檢測時，MassARRAY具有最佳的性價比，特別適合於對全基因組研究發現的結果進行驗證，或者是有限數量的研究位點已經確定的情況。

5.Illumina BeadXpress法
采用Illumina公司的BeadXpress系統進行批量SNP位點檢測，可以同時檢測1-384個SNP位點，往往用於基因組芯片結果確認，適合高通量檢測。微珠芯片具有高密度、高重復性、高靈敏度、低上樣量、定制靈活等特點，極高的集成密度，從而獲得極高的檢測篩選速度，在高通量篩選時可顯著降低成本。

6.KASP基因分型技術
KASP是競爭性等位基因特異性PCR（Kompetitive Allele Specific PCR）的縮寫，可在廣泛的基因組DNA樣品中（甚至是一些復雜基因組的DNA樣品），對SNPs和特定位點上的InDels進行精准的雙等位基因判斷。這項技術是基於引物末端鹼基的特異匹配來對SNP分型以及檢測InDels (Insertions and Deletions，插入和缺失)。

送樣要求

 

 

 

細胞（≥106 ）、組織（≥300mg）、血液（≥1ml）、基因組DNA（≥20μl，濃度≥50ng/μl）。

提供結果

 

 

 

檢測SNP的原始數據、數據分析結果及書面報告。

檢測項目

 

 

 

根據實驗目的和通量的不同，閱微基因通過以下五種方式來提供SNP檢測服務：

技術優勢

 

 

 

經驗豐富：國內最早應用SNaPshot方法的公司，10年經驗，技術成熟，做過1000個以上案例

 

服務全面：可以提供多種檢測方法，可根據客戶的樣本量及位點數協助客戶選擇合適的實驗方案

 

結果准確：單個項目的檢測結果都能保證不低於95%的檢出率，如有特殊需求，可達到100%檢出率

 

技術先進：

優化擴增體系，確保一次反應可以擴增出盡可能多的位點

針對特殊結構位點，采用高效的DNA聚合酶，確保每個位點都有實驗結果，確保客戶數據的完整性

可以針對口腔拭子、唾液等樣本提取DNA

可以提供基因分型等數據分析服務，包括HW平衡分析、聚類分析、品種鑒定、遺傳圖譜、關聯分析、單體型分析等

成功案例

 

 

 

某醫院客戶有1000 以上樣本，且只分析兩個SNP位點，選用了Taqman-SNP 方法進行分型檢測，散點圖結果。

Taqman-SNP 分型結果示例