VCFtools用來處理VCF文檔。 篩選特定突變 比較文件 總結突變 轉化文件格式 驗證並合並文件 取突變交集和差集 Get basic file stati ...

速來圍觀！——三種NCBI常見數據庫 在微生物測序分析中，常常需要對未知的核酸或蛋白序列進行物種,功能或類別注釋。注釋方法種類較多，其中最常用的是與一些標准數據庫進行相似性搜索，也就是序 ...

1、下載、安裝 phylip軟件 官網： http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html 安裝成 ...

隱含馬爾可夫模型（Hidden Markov Model，HMM）最初是在20世紀60年代后半期，由Leonard E. Baum和其他一些作者在一系列統計學論文中描述的。其最初應用於語音識別領域。 ...

DiffBind是基於peak的差異分析包，peaks由其他peak caller軟件生成，如MACS2、HOMER.一個peak可能表示一個染色質開放區域、蛋白質結合位點等。call出來的peak是 ...

NCBI的gene id, ENTREZID 與Ensembl Gene ID 互相轉換網站：https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php ...

ORF是什么？ 開放閱讀框（英語：Open reading frame；縮寫：ORF；其他譯名：開放閱讀框架、開放式閱讀框架，開放讀架等）是生物個體的基因組中，可能是蛋白質編碼序列的部分。基因中的O ...

最近有需求，對WGS測序獲得SNP信息進行篩減，可問題是測序個體少，call rate，maf，hwe，等條件過濾后，snp數量還是千萬級別，所以后面利用plink工具根據LD信息來濾除大量SNP標記 ...

通常我們用的都是通過blast比對來確定我們需要的家族成員，首先是比對序列，再次是需要目標物種的蛋白序列，來進行比對，通常比對的時候我們都需要設定e-value值。今天我們來學習一下利用HMMER來鑒 ...

1、准備測試數據10個樣本，10個位點 2、提取特定位點 [root@linuxprobe test]# ls test.map test.ped testsit ...