通常我們用的都是通過blast比對來確定我們需要的家族成員，首先是比對序列，再次是需要目標物種的蛋白序列，來進行比對，通常比對的時候我們都需要設定e-value值。今天我們來學習一下利用HMMER來鑒定基因家族成員。
1 、利用軟件HMMER進行模型搜索，
軟件官網：http://hmmer.org/download.html ，主要用到hmmsearch,已經來自pfam數據庫的隱馬爾可夫模型。記住模型下載是在pfam數據庫中，選擇你自己需要的模型即可，如若沒有你需要的模型怎么辦呢，這時我們可以自己建立模型，請看圖3后一行碼。（所用到的數據都上傳到網盤了，查看：http://132.232.42.33/?p=59）
2、在pfam數據沒有模型的時候，我們可以利用clustalX2要比對的序列進行比對，然后會陳勝*.aln文件（注：該軟件的目標文件必須在桌面才可以添加）。
下載桌面版本：hmmer3.0_windows，將下載下來的版本解壓到桌面 文件准備，擬南芥蛋白組數據，來自pfam數據庫的模型，模型是怎樣確定的，請參考：http://132.232.42.33/?p=105
將蛋白文件，模型文件放到解壓的hmmer文件中
圖 1
修改模型文件f—>b：
圖 2
win+R-->cmd>cd desktop-->cd hmmer3.0_windows如果你有Git的話，可以直接在該文件夾右鍵打開，也是一樣的：
圖 3
建立模型：
hmmbuild new.hmm *.aln模型搜索並保存為wrky.txt文件：
圖 4
打開wrky.txt文件結果如下：
圖 5
如上圖就見wrky基因鑒定出來了，如果還要進行下一步分析鑒定。包括多個轉錄本的情況，任然需要進行手動鑒定。以防出現假。以后得分享我基本上都會把入手的數據全部上傳。
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