基因家族成員鑒定
就基因家族工作做一簡單介紹 基本思路 數據准備 確定好研究的基因家族后（比如：NBS，MADS-box etc.），下面就可以下載相關數據。 所研究物種的基因組序列； genome.fa 所研究物種蛋白序列；pep.fa 所研究物種gff文件 目標基因家族 ...
原文：如何利用HMMER鑒定基因家族成員
通常我們用的都是通過blast比對來確定我們需要的家族成員，首先是比對序列，再次是需要目標物種的蛋白序列，來進行比對，通常比對的時候我們都需要設定e value值。今天我們來學習一下利用HMMER來鑒定基因家族成員。 利用軟件HMMER進行模型搜索，軟件官網：http: hmmer.org download.html，主要用到hmmsearch,已經來自pfam數據庫的隱馬爾可夫模型。記住模型下載 ...
2019-12-18 21:50 0 3339 推薦指數：
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