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bcftools 提取vcf(snp/indel)文件子集

做群體變異檢測后,通常會有提取子集的操作,之前沒有發現bcftools有這個功能,都是自己寫腳本操作,數據量一上來,速度真的是讓人無語凝噎。這里記錄下提取子vcf文件的用法,軟件版本:bcftools-1.5 一、根據個體提取子集 根據樣品名提取vcf文件,准備要保留的個體名文件 ...

Thu Nov 28 05:24:00 CST 2019 0 989
BCFTOOLS】按樣本拆分VCF文件

在對vcf的操作有這樣三個軟件: 利用Bcftools按樣本拆分文件主要利用了“--view”這個軟件包,主要代碼如下: 這里面三個參數: 就可以完成了。 ...

Fri Jul 13 18:05:00 CST 2018 0 1418

 
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