做群體變異檢測后，通常會有提取子集的操作，之前沒有發現bcftools有這個功能，都是自己寫腳本操作，數據量一上來，速度真的是讓人無語凝噎。這里記錄下提取子vcf文件的用法，軟件版本：bcftools-1.5
一、根據個體提取子集
根據樣品名提取vcf文件，准備要保留的個體名文件 keep.list，一行一個個體（參考第三步）。
無痛處理，速度超快，命令如下：
1 bcftools view -S keep.list test.vcf >sub_indv.vcf
二、根據染色體位置提取子集
注意：這里vcf要使用gbzip壓縮並且構建索引才行，而且vcf文件位置順序不能亂（別問我怎么知道的😔）；
准備好染色體及位置文件chr_pos.list，文件內容示例如下：
chr1 27639 chr1 60383 chr2 60469 chr3 60516 chr4 60534
#或者直接給區間也行
chr1 1 1000
chr1 2000 4500
后續命令如下，速度快，內存消耗還小：
1 bgzip test.vcf 2 tabix -p vcf test.vcf.gz 3 bcftools view -R chr_pos.list test.vcf.gz >new.pos.vcf
三、直接提取測序個體樣品名
1 bcftools query -l test.vcf >ind.list
1 head -100 test.vcf |grep "#C"|cut -f10-|xargs -n 1 >ind.list # 不調用軟件這樣也行
ind.list文件中一行一個樣品名