一行命令批量修改染色體和位置為RS號

鑒於太多人問我怎么批量根據chr:pos查找RS號，在這里出一個教程。 注意以下教程展示的是修改hg19基因組版本的RS號，如果你的數據是其他版本的，請修改為對應版本的數據。 假定數據是 ...

使用coloc進行QTL數據的共定位分析

共定位分析是一種用貝葉斯檢驗來分析兩種可能相關的表型是否在給定區域內共享共同的遺傳因果變異的方法，本文中，我們使用 coloc 包來進行共定位分析。 數據的准備 MAF的計算 我們的共定位的目的 ...

使用 bcftools 進行基因型過濾（genotypes QC）

基因型過濾標准：保留雙等位基因(biallelic sites)以及次等位基因頻率大於0.05的位點： bcftools view --types snps -m 2 -M 2 -q 0.05:mi ...