這篇應該是甲基化QC的最后一篇啦。 感謝健明帶入門。 我前面已經寫完兩篇： QC1:甲基化數據QC：使用甲基化數據計算樣本間的相關性 QC2:甲基化數據QC: 使用甲基化數據推測SNP基因型（ewastools工具） 下面補充一下對甲基化樣本和CpG位點QC的總流程： 1、導入、加載 ...

最近在做甲基化分析，看到logFC值，突然好奇這個值是怎么轉化過來的。 測試了一下，limma的logFC值與glm函數的Estimate值是一樣的。 以下是limma包的結果，可以看到 logFC值為-0.09222974： 以下是glm函數的結果： logFC值用公式來表示 ...

1、eQTL、mQTL共定位分析的作用 eQTL、mQTL共定位分析屬於Post-GWAS的一項重要工作，旨在GWAS結果的基礎上鑒定與表型相關的eQTL和mQTL位點。 傳統的GWAS是將全基因 ...

安裝ChAMP包時提示報錯：there is no package called 'GO.db' 這個報錯看起來問題不大，缺啥補啥。那就安裝GO.db包。 於是我麻溜的寫下安裝命令行BiocManag ...

最近在分析甲基化數據，發現ChAMP包的輸入端是beta（甲基化數據）和pheno（表型數據），找不到校正協變量（比如年齡、性別、批次等）的輸入端。 如下代碼所示： 查了一下ChAMP包的代碼，發現ChAMP包調用的是limma函數。 因此，這事就比較好解決了。 只需要在原代碼 ...

樣本間的相關性，可以反映公司加樣時是否存在重復加樣的錯誤。 下面簡要介紹一下如果利用甲基化數據計算樣本間的相關性 1、提取甲基化探針的snp位點、CpG的beta值 下面用的示例文件是minfi包自帶的。 如果是自己的數據，那么提取甲基化snp位點用的是沒有經過過濾的原始數據 ...

FEM是一個整合RANSEQ和DNA甲基化數據的R包，由Andrew E. Teschendorff 和 Zhen Yang 開發、維護。 不多說，下面介紹如何使用FEM整合RANSEQ和DNA甲基化數據分析。 1、安裝、下載FEM 2、下載數據adj.m adj.m數據存儲在網 ...