甲基化分析中limma包中的logFC值是怎么來的

最近在做甲基化分析，看到logFC值，突然好奇這個值是怎么轉化過來的。

測試了一下，limma的logFC值與glm函數的Estimate值是一樣的。

以下是limma包的結果，可以看到 logFC值為-0.09222974：

                logFC    AveExpr          t      P.Value    adj.P.Val        B
cg123       -0.09222974 0.47475441  -9.964224 1.504900e-12 5.492876e-07 17.63665

以下是glm函數的結果：

Coefficients:
                         Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)    
(Intercept)              0.527457   0.007100  74.285  < 2e-16 ***
pheno$group_listcontrol  -0.092230   0.009393 -9.819  3.26e-12 ***

logFC值用公式來表示就是mean(case)-mean(control)
case指的是case樣本的甲基化值，control同理