最近需要畫LD block,之前一直用haploview軟件畫，haploview軟件毛病比較多，比如不能有多態位點，輸入的變異位點不能太多等。動不動就報錯。
最近試了一下另外一個畫LD block的軟件LDBlockShow，比haploview好用許多。不需要自己剔除多態位點，直接輸入vcf文件即可，簡直就是心頭好。
直接下載安裝:
wget https://github.com/BGI-shenzhen/LDBlockShow/archive/v1.33.tar.gz
tar -zxvf v1.33.tar.gz
cd LDBlockShow-1.33/src/
sh make.sh
cd ../bin/
畫LD圖：
LDBlockShow -InVCF 1000genomes.vcf.gz -OutPut file -Region chr11:2142000:2342000 -OutPdf
解釋一下：
LDBlockShow指LDBlockShow軟件；
1000genomes.vcf.gz：壓縮格式的vcf文件；
file：輸出文件名為file；
chr11:2142000:2342000指的是畫區域chr11:2142000:2342000的連鎖圖，這里注意一下，如果你的染色體號不是chr開頭，而是以阿拉伯數字開頭的話，則需要寫成11:2142000:2342000;
-OutPdf輸出格式為pdf;
畫完后效果如下所示：
我們還想個性化修改一下圖的顏色，則用以下命令：
ShowLDSVG -InPreFix file -OutPut fileout -crMiddle 192,192,192 -crEnd 64,64,64 -crTagSNP 255,0,0 -OutPdf
ShowLDSVG指的是ShowLDSVG軟件的地址；
file指的是上個步驟生成的file文件名；
fileout指的是輸出文件名；
-crMiddle指的是不完全連鎖時（R^2/D’）的顏色，顏色可以用RGB表示；
-crEnd指的是完全連鎖時的顏色，顏色可以用RGB表示；
-crTagSNP指定tagSNP的顏色，顏色可以用RGB表示；
效果圖如下所示：
另外提一下，使用這個軟件時可能會存在的報錯：Perl lib version (5.28.1) doesn't match executable '/usr/bin/perl' version (5.16.3)
解決方案見鏈接：https://www.jianshu.com/p/4c68570bb087
