一個R包(IntAssoPlot)，LocusZoom圖、連鎖不平衡圖和基因結構圖一步到位

最近，看到Front. Genet.發了一篇文章“IntAssoPlot: An R Package for Integrated Visualization of Genome-Wide Association Study Results With Gene Structure and Linkage Disequilibrium Matrix”，主要推出了一個R包IntAssoPlot，該包整合了LocusZoom圖、連鎖不平衡圖（LD）和基因結構信息。

往常畫LocusZoom圖和連鎖不平衡圖（LD）時需要提取相同的起始、終止位置，再分別用LocusZoom網站和haploview軟件畫。步驟多，畫起來麻煩，關鍵畫完以后還需要將他們拼在一起（看起來就不是很專業）。

IntAssoPlot包的優點是直接一步出圖。

下載、安裝很簡單：

install.packages(c("ggplot2","ggrepel","reshape2"))
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(c("SNPRelate","gdsfmt"))
library(remotes) # version 2.1.0
#install_github("whweve/IntAssoPlot")
install_github("whweve/IntAssoPlot",build=TRUE,build_vignettes = TRUE)

下面是IntAssoPlot包的示例數據展示：

library("IntAssoPlot")
example("IntGenicPlot")
example("IntRegionalPlot")

畫出來的基因結構、LD圖、關聯圖如下所示：

LD圖和LocusZoom圖：

下面是這個包的代碼參數使用，作者很貼心的寫好了：

以下是上面代碼畫出來的效果圖：

寫完這篇推文的時候，挺感慨的。有需求、有想法就可以成就一個包、一篇文獻。