最近需要畫LD block,之前一直用haploview軟件畫,haploview軟件毛病比較多,比如不能有多態位點,輸入的變異位點不能太多等。動不動就報錯。 最近試了一下另外一個畫LD block的軟件LDBlockShow,比haploview好用許多。不需要自己剔除多態位點,直接輸入vcf ...
最近,看到Front. Genet.發了一篇文章 IntAssoPlot: An R Package for Integrated Visualization of Genome Wide Association Study Results With Gene Structure and Linkage Disequilibrium Matrix ,主要推出了一個R包IntAssoPlot,該包整 ...
2020-08-12 20:05 5 1607 推薦指數:
最近需要畫LD block,之前一直用haploview軟件畫,haploview軟件毛病比較多,比如不能有多態位點,輸入的變異位點不能太多等。動不動就報錯。 最近試了一下另外一個畫LD block的軟件LDBlockShow,比haploview好用許多。不需要自己剔除多態位點,直接輸入vcf ...
GWAS入門必看教程:Statistical analysis of genome-wide association (GWAS) data 名詞解釋和基本問題: 關聯分析:就是AS的中文,全稱是GWAS。應用基因組中數以百萬計的單核苷酸多態;SNP為分子遺傳標記,進行全基因組水平 ...
本文首發於“生信補給站”,https://mp.weixin.qq.com/s/Gl6BChxSYbSHMo9oMpufPg 連鎖不平衡圖,用來可視化不同SNP之間的連鎖程度,前同事間俗稱“倒三角”圖。 本文使用自己的數據,因為安裝R包后使用內置數據集運行出結果較容易 ...
[注] 本文不是包圖的基礎教程, 只是包圖的圖形總結. 學習UML圖形 推薦閱讀<UML參考手冊>第2版. http://www.umlchina.com/ 推薦微軟的開發軟件設計模型 http://msdn.microsoft.com/zh-cn/library ...
哈代-溫伯格平衡定律(Hardy-Weinberg equilibrium),即HW平衡,是指對於一個大且隨機交配的種群,基因頻率和基因型頻率在沒有遷移、突變和選擇的條件下會保持不變。它是建立在一個理想的群體模式上的,有四個假設前提:1.群體無限大;2.隨機婚配;3.沒有突變;4.沒有大規模遷移 ...
。 安裝 穩定版 npm install --save redux 附加包 React 綁定 ...
前言 最近一段時間,越來越多的小伙伴開始學習上位機,學上位機必須要配套PLC硬件,如果不想購買,又想學習,只能用軟件搭建仿真環境了。但是很不幸的是,由於系統原因或者其他未知原因,經常會遇到各種各樣的問題,因此本文主要針對博圖V16安裝、PLCSIM-Advanced安裝及授權進行詳細 ...
SQL索引一步到位(此文章為“數據庫性能優化二:數據庫表優化”附屬文章之一) SQL索引在數據庫優化中占有一個非常大的比例, 一個好的索引的設計,可以讓你的效率提高幾十甚至幾百倍,在這里將帶你一步步揭開他的神秘面紗。 1.1 什么是索引? SQL索引 ...