前言
很多人問我有沒有關於全基因組關聯分析（GWAS）原理的書籍或者文章推薦。
其實我個人覺得，做這個分析，先從跑流程開始，再去看原理。
為什么這么說呢，因為對於初學者來說，跑流程就像一個大黑洞，學習原理就像一個小黑洞。
很多人花了好幾個月的時間在看原理，一旦丟給他數據去分析，依舊束手無策。
不會跑流程，內心依舊會很恐慌。就像從來沒有入門一樣。
所以，我的建議是咱們先不去管原理，直接從分析入手。
等把數據跑出來了，整個流程的技能點滿了，再去看看它的原理。
入門：學習GWAS的在線網站：
對於沒有編程基礎的人來說，建議先從一個在線的網站走一遍GWAS流程。
這樣就能知道完成GWAS需要多少個步驟，心里大概有個底。
easygwas網站提供了公共數據，可以直接開始分析GWAS。整個流程按照網站提示，很簡單。
進階備選1：在linux下學習GWAS的實操數據
由於我們最終還是需要拿着自己的數據完成GWAS分析，不必避免的需要一定的編程基礎。
在線網站只是一個提供理解GWAS流程的網站，因此，我們還是需要在linux系統下拿一些數據練練手。學會最基本的命令行。
在這里，我推薦一個提供linux下學習GWAS的教程：GWA_tutorial.
網址：https://github.com/MareesAT/GWA_tutorial/
網站分為四個教程：1）GWAS的數據QC; 2)處理群體分層； 3）關聯分析（GWAS）; 4)多基因風險得分分析（Polygenic risk score analyses）
示例數據都有了，就等你自己上手了。
我敢保證，當你能完整的跑完這個流程的時候，你對GWAS的理解少說也有70% ，下一個在群里幫我解答問題的大神就是你了（申請進群方式見公眾號菜單欄）。
進階備選2：使用R語言做GWAS分析
有些人對R語言可能比較熟悉，這里提供了一個用R語言分析GWAS的流程。
該流程有：GWAS的QC，PCA分析，Manhattan圖，QQ圖，候選位點的功能分析
感興趣的看這個：Genome-wide association studies in R
網址：https://www.r-bloggers.com/genome-wide-association-studies-in-r/
進階備選3
0 原理
1 分析流程
2 數據處理
2.1 數據質量過濾
GWAS基因芯片數據預處理：質量控制（quality control）
2.2 正負鏈翻轉（stand flip）
2.3 基因型數據填補（imputation）
soga，網頁版的基因型填充可以這么做（genotype imputation）
2.4 群體分層校正
GWAS群體分層 (Population stratification)：利用plink對基因型進行PCA
3 關聯分析
GWAS: 曼哈頓圖，QQ plot 圖，膨脹系數（ manhattan、Genomic Inflation Factor）
4 meta分析
只用一行命令，就可以學會全基因組關聯分析(GWAS)的meta分析
5 條件分析
GWAS條件分析（conditional analysis）：作用，步驟，結果解讀
6 基因多效性
7 GWAS后續分析
GWAS：拒絕假陽性之case和control數量比例嚴重失衡的解決方案（SAIGE模型的應用）
利用GCTA工具計算復雜性狀/特征（Complex Trait）的遺傳相關性（genetic correlation）
GWAS系列分析：多基因風險評分(Polygenic Risk Score)的計算
DEPICT實現基因優化、gene set富集分析、組織富集分析（tissue enrichment）
8 相關文獻閱讀
什么！GWAS研究中case和control的比例是有講究的？
GWAS文獻解讀：The stability of educational achievement
補充
GWAS其他教程：
www.transplantdb.eu/sites/transplantdb.eu/files/HandsOnTutorialtoGWAS_Seren-030715.pdf
https://doc.goldenhelix.com/SVS/tutorials/snp_gwas/index.html
ccbb.jnu.ac.in/IUBDDJan2015/workshop_files/GWAS Tutorial.pdf
https://www.r-project.org/conferences/useR-2009/slides/Zhao+Tan.pdf
users.du.se/~lrn/NOVAComputerExercises/NOVA_GenABEL_tutorial.pdf
gsea4gwas-v2.psych.ac.cn/docs/tutorial.jsp
www.montefiore.ulg.ac.be/~kvansteen/GeneticEpi-UA2/Class5/Introduction to GenABEL.pdf
看看文獻，加深對GWAS的理解：
A tutorial on conducting genome‐wide association studies: Quality control and statistical analysis