出處:bilibili 關聯分析(Association):在交易數據、關系數據或其他信息載體中 ...
前言 很多人問我有沒有關於全基因組關聯分析 GWAS 原理的書籍或者文章推薦。 其實我個人覺得,做這個分析,先從跑流程開始,再去看原理。 為什么這么說呢,因為對於初學者來說,跑流程就像一個大黑洞,學習原理就像一個小黑洞。 很多人花了好幾個月的時間在看原理,一旦丟給他數據去分析,依舊束手無策。 不會跑流程,內心依舊會很恐慌。就像從來沒有入門一樣。 所以,我的建議是咱們先不去管原理,直接從分析入手。 ...
2019-11-06 09:49 3 2994 推薦指數:
出處:bilibili 關聯分析(Association):在交易數據、關系數據或其他信息載體中 ...
前段時間有位小可愛問我,為什么她的QQ圖特別飄,如果你不理解怎樣算飄,請看下圖: 理想的QQ圖應該是這樣的: 我當時的第一反應是:1)群體分層造成的;2)表型分布有問題。因此讓她檢查一下數據 ...
全基因組關聯分析 (GWAS) - 簡介 在碩士就讀期間,就已經做過 GWAS 相關的分析。當時標記量非常少, windows 系統分析就足夠了,作圖方面涉及的腳本也基本是蔡師兄幫寫的。后來,隨着高通量測序成本的降低,標記數量越來越多,不得不進入 linux 和 腳本操作的時代 ...
前言 關於全基因組關聯分析(GWAS)原理的資料,網上有很多。 這也是我寫了這么多GWAS的軟件教程,卻從來沒有寫過GWAS計算原理的原因。 恰巧之前微博上某位小可愛提問能否寫一下GWAS的計算原理。我一順口就答應了。 后面一直很懶,不願意動筆,但想着既然答應了,不寫說不過去。 我寫 ...
為什么需要做meta分析 群體分層是GWAS研究中一個比較常見的假陽性來源. 也就是說,如果數據存在群體分層,卻不加以控制,那么很容易得到一堆假陽性位點。 當群體出現分層時,常規手段就是將分層的群體獨立分析,最后再做meta分析。 1.如何判斷群體是否分層 先用plink計算PCA ...
2帶。 等位基因其實是一個集合,在同一個locus出現得基因型互為等位基因。Aa不能叫等位基因,正確的邏 ...
全基因組關聯分析流程: 一、准備plink文件 1、准備PED文件 PED文件至少有六列,內容如下: Family ID Individual ID Paternal ID Maternal ID Sex (1=male; 2=female ...
假如你的GWAS結果出現如下圖的時候,怎么辦呢?GWAS沒有如預期般的掃出完美的顯著信號,也就沒法繼續發揮后續研究的套路了。 最近,nature發表了一篇文獻“Common genetic variants contribute to risk of rare severe ...