為什么需要做meta分析
群體分層是GWAS研究中一個比較常見的假陽性來源.
也就是說，如果數據存在群體分層，卻不加以控制，那么很容易得到一堆假陽性位點。
當群體出現分層時，常規手段就是將分層的群體獨立分析，最后再做meta分析。
1.如何判斷群體是否分層
先用plink計算PCA，具體方法詳見鏈接：GWAS群體分層 (Population stratification)：利用plink對基因型進行PCA
隨后畫出PC1和PC2在不同群體的散點圖，觀察群體之間是否明顯分開，如果明顯分開，說明群體分層了，需要獨立做關聯分析，最后再做meta分析
2.如何做meta分析
這里推薦metal軟件做meta分析，理由是簡單、易上手。
2.1 下載metal
進入下載鏈接
metal 提供了三個版本的，分別是Linux，macOS, Windows系統；請自行選擇。
這里提供Linux系統的命令：
wget http://csg.sph.umich.edu/abecasis/metal/download/Linux-metal.tar.gz
2.2 解壓metal
解壓用到的命令如下：
tar -zxvf Linux-metal.tar.gz
2.3 meta分析前的數據准備
假定需要進行meta分析的文檔分別為DGI_three_regions.txt 和 magic_SARDINIA.tbl
DGI_three_regions.txt 的內容如下：
magic_SARDINIA.tbl 的內容如下：
那么在meta分析前需要准備一個metal.txt文檔，metal.txt文檔的內容如下：
解釋一下，這個txt文檔是什么意思。
這一部分指的是MARKER對應的是DGI_three_regions.txt文檔的SNP列名；
WEIGHT對應的是DGI_three_regions.txt文檔的N列名；
其他的以此類推；
第二個文件的准備方法也是一樣的。
2.4 meta分析
很簡單的一個命令行就搞定了
metal metal.txt
2.5 結果解讀
meta分析后會生成兩個文件，分別是 METAANALYSIS1.TBL 和 METAANALYSIS1.TBL.info
METAANALYSIS1.TBL 是meta分析的結果文檔；
內容如下：
P-value 即為meta后的關聯分析P值；
METAANALYSIS1.TBL.info 是meta分析的說明文檔，比如 Marker 指的是什么。
其內容如下：
