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序列相似性比較與同源性分析

首先應該注意區分序列相似性與序列同源性的關系,序列相似不一定同源,但是判定同源性關系的時候有些算法(Maximum likelihood除外)要考慮到序列相似性。序列相似性是將待研究序列與DNA或蛋白 ...

Sat Jul 13 06:18:00 CST 2019 0 7042
生物數據庫介紹——NCBI

NCBI(National Center for Biotechnology Information,美國國家生物技術信息中心)除了維護GenBank核酸序列數據庫外,還提供數據分析和檢索資源。 ...

Fri Aug 31 04:31:00 CST 2018 0 10407
GEO(Gene Expression Omnibus):高通量基因表達數據庫

  Gene Expression Omnibus(GEO)是一個公共存儲庫,可以存檔和自由分發由科學界提交的全套微陣列,新一代測序和其他形式的高通量功能基因組數據。 除數據存儲外,還提供一系列基於W ...

Sat Sep 22 06:02:00 CST 2018 0 7419
BCR-ABL融合基因及檢測

費城染色體 費城染色體(Philadelphia chromosome, Ph (or Ph') chromosome),或稱費城染色體易位(Philadelphia translocation), ...

Wed Aug 21 03:44:00 CST 2019 0 3461
Biopython常用功能模塊

Biopython項目是旨在減少計算生物學中代碼重復的開源項目之一,由國際開發人員協會創建。 它包含表示生物序列和序列注釋的類,並且能夠讀取和寫入各種文件格式(FASTA,FASTQ,GenBank和 ...

Thu May 10 06:22:00 CST 2018 0 6005
基因的可變剪切

什么是基因的可變剪切? 有些基因的前體mRNA(pre-mRNA)通過不同的剪接方式(選擇不同的剪接位點)產生不同的mRNA剪接異構體,這一過程稱為可變剪接(或者選擇性剪切)(Altern ...

Sun Dec 27 19:04:00 CST 2015 0 12226
eQTL

首先QTL是數量性狀位點,比如身高是一個數量性狀,其對應的控制基因的位點就是一個數量性狀位點,而eQTL就是控制數量性狀表達位點,即能控制數量性狀基因(如身高基因)表達水平高低的那些基因的位點。 ...

Mon Aug 11 18:12:00 CST 2014 0 13375
BLAST在Windows系統中本地化

簡介 NCBI除了提供在線的Web BLAST序列比對服務外,還提供FTP方式下載序列比對工具。這允許在本地平台上針對從NCBI下載或本地創建的數據庫執行BLAST搜索。這些實用程序 ...

Mon Aug 06 04:57:00 CST 2018 0 4302
使用Aspera (ascp 命令)從NCBI高速下載數據

1. 簡介 生物信息研究人員往往需要從NCBI/sra 或者EBI/ENA下載高通量的測序數據。而通過NCBI申請獲得的數據往往需要通過Aspeara進行下載。 2. Aspeara 安裝 ...

Fri Jul 24 01:40:00 CST 2020 0 2770

 
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