1. 簡介
生物信息研究人員往往需要從NCBI/sra 或者EBI/ENA下載高通量的測序數據。而通過NCBI申請獲得的數據往往需要通過Aspeara進行下載。
2. Aspeara 安裝
$ wget http://d3gcli72yxqn2z.cloudfront.net/connect/bin/aspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.tar.gz $ tar zxf aspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.tar.gz $ sh aspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.sh $ echo 'PATH=$PATH:~/.aspera/connect/bin/' >> ~/.bashrc $ source ~/.bashrc $ ascp --help
注意，此時軟件安裝在 ~/.aspera/connect/ 目錄下。
3. Aspeara 主要參數
Aspera的用法：
$ ascp [參數] 目標文件 目的地址
Aspera的常用參數：
-T
不進行加密。若不添加此參數，可能會下載不了。
-i string
輸入私鑰，安裝 aspera 后有在目錄 ~/.aspera/connect/etc/ 下有幾個私鑰，使用 linux 服務器的時候一般使用 ~/.aspera/connect/etc/ asperaweb_id_dsa.openssh 文件作為私鑰。
--host=string ftp的host名，NCBI的為ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov；EBI的為fasp.sra.ebi.ac.uk。 --user=string 用戶名，NCBI的為anonftp，EBI的為era-fasp。 --mode=string 選擇模式，上傳為 send，下載為 recv。 -l string 設置最大傳輸速度，比如設置為 200M 則表示最大傳輸速度為 200m/s。若不設置該參數，則一般可達到10m/s的速度，而設置了，傳輸速度可以更高。
4. Aspeara 下載參考命令
ascp -QTr -l 300M -k 1 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/ERR/ERR105/ERR105009/ERR105009.sra ./
5. 參考博客
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=689440&do=blog&quickforward=1&id=1023672
http://www.chenlianfu.com/?p=2319
http://boyun.sh.cn/bio/?p=1933
https://www.plob.org/article/3013.html
https://www.biostars.org/p/93482/