NCBI下載SRA數據


從NCBI下載數據本來是一件很簡單的事情,但是今天碰到幾個坑:

1、paper里沒有提供SRA數據號、也沒有提供路徑;

2、不知道文件在ftp的地址,不能直接用wget下載

 

所以通過在NCBI官網,直接在SRA搜索欄里:

輸入paper的title關鍵詞NIFTY BGI

搜索結果:

 

選一個文件點擊進去

 

 進去之后,再點擊SRP

然后:

出現如下內容:

然后選擇所有SRR文件:

下載Accession list之后得到文件列表:

SRR354208
SRR357358
SRR357397
SRR357398
SRR357666
SRR357667
SRR357668
SRR357669
SRR357670
SRR357671
SRR357672
SRR357673
SRR357674
SRR357675
SRR357676

然后根據這個列表在linux下載:

[wuzengding@mn01 NIFTY_BGI_samp]$ cat /data1/Medicine/WZD/SRR_Acc_List.txt | while read line
> do
> echo $line
> /home/wuzengding/biosoftware/sratoolkit.2.8.2-1-centos_linux64/bin/fastq-dump.2.8.2 ${line}
> done

 下載成功!!

 

注:另外一種更簡單方法

在找到這個界面時

點擊send to

 

 最后得到SraRunInfo.csv文件,文件內容是各個samp sequence的列表信息,包括FTP上的下載地址:

然后在linux中下載,

完畢!

 


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