簡介
SRA數據庫是美國國立衛生研究院（NIH）的高通量測序數據的主要歸檔，是國際核苷酸序列數據庫協作（INSDC）的一部分，其中包括NCBI序列讀取存檔（SRA），歐洲生物信息學研究所（EBI）和DNA數據庫 日本（DDBJ）。 提交給三個組織中的任何一個的數據都是共享的。
SRA數據庫數據來自高通量測序平台（Roche 454 GSSystem®，Illumina GenomeAnalyzer®，Applied Biosystems SOLiDSystem®，HelicosHeliscope®，CompleteGenomics®和Pacific BiosciencesSMRT®）的原始測序數據和比對信息，儲存的測序數據在研究團體間可重復使用，並通過比較數據集來實現新發現。
典型的下一代測序工作流程
SRA數據庫和NCBI其它的數據庫
NCBI開發和維護了35個以上生物數據類別數據庫，包括科學文獻、健康、基因組、基因、蛋白質和化學品六個大類。
每個數據庫都有自己的最小可發布單元。 例如，PubMed的最小可發布單位是一篇文章，而在SRA中，最小可發布單位是一個實驗（以SRX＃的形式登錄）。 SRA實驗包括序列數據和有關生物樣品如何測序的(元數據)。
SRA數據庫與其它數據庫的交互
所有NCBI數據庫都是互連的。 這種相互關聯可以實現強大的搜索功能。 例如：
查找PubMed中引用SRA研究的文章： “pubmed sra”[Filter]
查找發表在PubMed的SRA實驗：“sra pubmed”[Filter]
同樣，您可以找到與其他NCBI數據庫的SRA連接，反之亦然。
SRA數據
SRA接受來自各種測序項目的數據，包括涉及人類受試者或其基因組的臨床重要研究，其可能含有人類序列。 這些數據通常通過dbGaP（基因型和表型數據庫）進行受控訪問。
SRA數據下載
1.SRA Toolkit工具下載
2.下載數據
首先去NCBI里面搜索並找到你想要的數據的SRA地址，然后寫腳本批量下載。
$ while read line ; do wget $line; done<sra_ftp.txt
然后解壓*.sra文件
$ for i in $(ls *.sra) ;do echo $i ; fastq-dump –split-3 $i ; done
查看fastq文件
【參考文獻】