使用sratoolkit下載NCBI數據


如何使用sratoolkit下載NCBI數據?
比如我想下載這個研究的數據,

使用prefetch命令,輸入對應的SRA號碼
prefetch SRR10861695

默認下載限制是20G的數據,如果下載的數據較大,可以修改配置,比如改為最大100G
prefetch --max-size 100G SRR10861695

如何修改默認配置,特別是下載數據的存放位置
vdb-config -i

進入這個界面,需要按照指示操控鍵盤進行修改

如果上面這個配置感覺很慢,可以考慮用文本交互的方法,命令是
vdb-config -i --interactive-mode textual


如圖,如果修改存儲位置,輸入4,回車即可。


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