首先應該注意區分序列相似性與序列同源性的關系，序列相似不一定同源，但是判定同源性關系的時候有些算法（Maximum likelihood除外）要考慮到序列相似性。序列相似性是將待研究序列與DNA或蛋白質序列庫進行比較，用於確定該序列的生物屬性，也就是找出與此序列相似的已知序列是什么，完成這一工作只需要用到兩兩序列比較算法，常用的程序包有BLAST，FASTA等。同源性分析是將待研究序列加入到一組與之同源，但是來自不同物種的序列中進行多序列比對，以確定該序列與其它序列間的同源性大小。多序列比較算法常用的程序包有CLUSTAL等。
1、 序列比對，從數據庫中尋找相似序列： 首先打開NCBI的BLAST網站：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi ，選擇protein blast，然后將待比對序列粘貼進去，進行BLAST（一些參數的設置收藏夾或百度）。等待一定時間后將會出現與所選數據庫的比對結果，按照打分高低將top100（可以設置成其他數值）的序列顯示出來，然后可以將該100條序列下載下來。存成test.fasta文件。這個文件就是在mega中進行多序列比對建樹所用的文件。
2、 多序列比對：打開mega，ALIGN-BUILDALIGNMENT-Create a new alignment-protein-open-retrieve sequences from file-no -test.fasta（或者直接拖動進去，或者雙擊打開test.fasta）,然后點擊Alignment——Align by ClustalW——OK——OK。然后比對成功，選擇Data——Export Alignment——MEGA format保存文件為test.meg，可以關閉Align會話框。
3、 構建進化樹：打開test.meg。點擊PHYLOGENY——選擇最上面的ML方法，參數可以選擇默認參數。就出現了進化樹。當然一些參數最好還是用到，比如說可信度驗證的次數設置最好要大於等於500次。
4、 進化樹的美化與理解
http://www.360doc.com/content/14/0617/22/17553313_387599563.shtml
https://www.sohu.com/a/196872269_675868