認為來自不同物種的一組基因的進化關系（基因樹，gene tree）與這些物種本身的進化關系（物種樹，species tree）
一定相同，似乎是合理的，因為這些基因存在於這些物種的基因組中。但情況並非如此。基因樹不一定與物種樹相同。
基因樹可以和物種樹不同，一種情況如下圖所示。祖先種群最先固定了A1等位基因（頂部），但隨后發生了A2突變，
使該群體變成多態性群體。這種多態性甚至在物種1分出來，以及物種2和3分開時仍然存在。但是，最終發生了一個等位
基因的丟失（和另一個等位基因的固定），在此例中，物種1和2固定等位基因A2，而物種3固定等位基因A1。這意味着，
基因樹會將來自物種1和2的等位基因作為親緣關系最近的一組，而物種樹表明，實際上物種2和3才是親緣關系最近的。
由於重組的存在，這種情況會變得更加復雜。既然基因能夠進行重組就意味着不同的基因可具有不同的進化史。因為
在基因內部可發生重組，所以相同基因的不同部分甚至可能具有不同的進化史。另外，對多態性持續的時間相對較短的基
因，或者對相當古老的分類單元而言，基因樹確實通常與物種樹一致。基因樹和物種樹之間的不一致，只要對於長期維持
多態性的基因，或親緣關系很近的分類單元，是一個隱患。