1、基因樹(Gene tree): 當一個分子系統樹是根據某一個基因數據構建而來的,稱為基因樹.
2、物種樹(Species tree): 是指代表一組物種進化過程的系統樹.
3、基因樹與物種樹的關系
分子系統學的目的,就是通過分子樹來推測物種樹.在許多情況下這兩者是一致的。
基因樹與物種數的沖突原因：1、隨機誤差 2、系統誤差（不同物種中進化速率存在差異） 3、生物學因素 參考：http://www.docin.com/p-959573225.html
4、建樹方法：（參考：https://wenku.baidu.com/view/54bd36d6360cba1aa811dad5.html）
4.1 基於距離
UPGMA法 (unweighted pair group method using arithmetic average)
鄰接法NJ法 (neighbor joining method) 即NJ 法
4.2 基於特征
最大簡約法(Maximum Parsimony Method) 即MP法
最大似然法(Maximum Likelyhood Method) 即ML法
貝葉斯法（bayesian inference ）即 BI 法
5、進化樹可靠性評估
5.1 boostraping method （自展性支持率）
對於ML法，自展法太耗費時間；可以用 aLRT檢驗進化樹的可靠性。
5.2 posterior probability(后驗概率)
6、構建進化樹的軟件和方法
常用軟件 參考：https://www.jianshu.com/p/f9dfd9132c3e
https://www.hiv.lanl.gov/content/sequence/PHYML/interface.html (phyml)
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