文章鏈接：http://biorxiv.org/content/early/2016/10/15/081141
作者：
時間：2016.10.15
摘要：
許多宏基因組分類工具在宏基因組學領域增長速度飛速。然而，在這個領域相近物種的分類仍然是一個挑戰。這里，我們用兩個宏基因組數據集，人類宏基因組數據和環境宏基因組數據對比MetaPhlAn2, kallisto 和 Kraken的性能。研究表明kallisto比MetaPhlAn2 和Kraken有更高的敏感度，並且在物種水平上的分類精確度也比kraken高。我們的研究還表明在運行全基因組的分類工具會將不存在的物種分類到存在的物種上。為了減少這種FP，在我們的流程中MetaPhlAn2我們介紹marker基因，它使用Kallisto為分類步驟，作為用於物種檢測一個附加的過濾步驟。