基因家族收縮和擴張分析 & Selective loss pathway & 泛基因組

套路

這通常就是基因組組裝后的必做分析，通過比較基因組學的手段進行分析，可以知道所研究物種在進化過程中哪些核心基因家族發生了變化，從而導致了其特殊的適應性機制的形成。

參考：

Extremotolerant tardigrade genome and improved radiotolerance of human cultured cells by tardigrade-unique protein. – Nature Communication

基因家族收縮和擴張分析

青稞適應性強系正向選擇基因家族擴張

微信搜狗搜一下（意想不到的收獲很多，有很多文獻總結）：

CYP450、MHC、NBS、TPS四大基因家族相關研究

Selective loss of the calcium ion signaling pathway in T cells maturing toward a T helper 2 phenotype.

就是指定的pathway丟失了。。。

 

泛基因組指通過基因組de novo組裝策略，構建多個不同亞種或生態型的全基因組序列，從而完善該物種基因集並獲得個體的特異基因信息。通過不同屬/種/亞種內物種的測序分析，我們可以獲得物種的 core-genome 和 unique-genome。