參考基因組版本命名
參考基因組聯盟(Genome Reference Consortium),它是由 NCBI,EBI,桑格研究所等機構組成。GRC 利用最佳的技術裝配,糾正,增加基因組序列,以此作為在生信分析領域作為參考的基因組。
人基因組官名叫 GRCh38 (Genome Reference Consortium Human Build 38),GRCh38 在UCSC基因組瀏覽器中還有個小名 hg38,這個小名對於大多數人來說是更親切熟悉的。GRCh38 在 GenBank 中叫 GCA_000001405.15,在 RefSeq 中叫 GCF_000001405.26,雖然 GRC 組織建議在所有出版物和工具中使用該編號,但事實是前兩種 GRCh38 和 hg38 對生信分析更常見。
在不更改染色體坐標的情況下,向參考基因組添加或替換新序列,這種打補丁的方式,會在基因組版本后加 .p (patch)來命名。
舉個例子,GRCh38 的第九個補丁,正式版本叫做 Genome Reference Consortium Human Build 38 patch release 9,簡稱 GRCh38.p9。在 GenBank 編號為 GCA_000001405.24,RefSeq 編號為 GCF_000001405.35。在 Ensemble 編號為 GRCh38,NCBI 編號為 GRCh38。
1、常用人參考基因組對應表
根據 GRC 官網信息,GRCh39 大版本將會無限停更,他們在考慮用新模型和序列來構建人類的參考基因組,細節不清楚,猜測有可能會有泛基因組內容。
2、常用小鼠參考基因組對應表
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