如何識別自己基因組數據是哪個全基因組參考版本(Genome Reference Versions/ Genome Build)


    首先在這里先感謝我們【Bio生信學習交流群】的群友和創建此群的群主【陳博士后】。

    今天解決的問題是怎么查看自己的基因組數據是哪個Genome Reference Versions。

    步驟:

     第一步,打開你的基因組數據bim文件(Plink格式),隨便找一個SNP,如下圖。 

 

    第二步,復制選中位點的rs編號(上圖黃色框內容),然后打開NCBI網站,選中SNP選項,將位點的rs編號黏貼進去,點即查詢。

 

     第三步,查看查詢結果中的位置信息,下圖藍色標記。根據圖一,我們數據中rs1260143位點的位置信息為3162204(圖一紅色標記),至此,我們知道該基因數據的Genome Reference為【GRCh37】。

 

       總結,數據分析的任何一個小步驟,有可能需要消耗你一點點半天至一天時間來找解決辦法,因為很多小問題網上都沒帖子可以看【因為對入門了的人都不是問題】。所以此隨筆日記分享給由同樣需求的科研小白們,共勉!再次感謝我們的交流群。

 


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