原文:如何識別自己基因組數據是哪個全基因組參考版本(Genome Reference Versions/ Genome Build)

首先在這里先感謝我們 Bio生信學習交流群 的群友和創建此群的群主 陳博士后 。 今天解決的問題是怎么查看自己的基因組數據是哪個Genome Reference Versions。 步驟: 第一步,打開你的基因組數據bim文件 Plink格式 ,隨便找一個SNP,如下圖。 第二步,復制選中位點的rs編號 上圖黃色框內容 ,然后打開NCBI網站,選中SNP選項,將位點的rs編號黏貼進去,點即查詢。 ...

2021-04-07 20:14 0 319 推薦指數:

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genome repeat sequence | 基因組重復序列

基因組里的小寫字母的序列就是soft masking,也就是被標記的重復序列。 怎么把重復序列提取出來,保存為bed文件? 參考:Uppercase vs lowercase letters in reference genome ...

Mon Mar 26 08:00:00 CST 2018 0 935
參考基因組

參考基因組版本命名參考基因組聯盟(Genome Reference Consortium),它是由 NCBI,EBI,桑格研究所等機構組成。GRC 利用最佳的技術裝配,糾正,增加基因組序列,以此作為在生信分析領域作為參考基因組。人基因組官名叫 GRCh38 (Genome ...

Sat Jun 12 20:52:00 CST 2021 0 1267
Genome-wide Complex Trait Analysis(GCTA)-基因組復雜性狀分析

GCTA(基因組復雜性狀分析)工具開發目的是針對復雜性狀的基因組關聯分析,評估SNP解釋的表型方差所占的比例(該網站地址:http://cnsgenomics.com/software/gcta/)。目前GCTA工具可實現以下功能: 1 評估基因組SNP的親緣關系(遺傳關系) 2 評估 ...

Sat Oct 22 06:03:00 CST 2016 0 1416
基因組注釋

基因組注釋主要包括四個研究方向:重復序列的識別;非編碼RNA的預測;基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義:重復序列可分為串聯重復序列(Tendam repeat)和散在重復序列 ...

Mon Jan 11 19:48:00 CST 2016 0 4001
轉錄入門(4):了解參考基因組基因注釋

任務列表 1.在UCSC下載hg19參考基因組; 2.從gencode數據庫下載基因注釋文件,並且用IGV去查看感興趣的基因的結構,比如TP53,KRAS,EGFR等等。 3.截圖幾個基因的IGV可視化結構 4.下載ENSEMBL,NCBI的gtf,也導入IGV看看,截圖 ...

Fri Aug 11 09:00:00 CST 2017 0 6094
 
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